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Fin dalle origini della struttura nel '97, l'approccio metodologico alla revisione adottato è stato fondato sul concetto del rischio di audit , che ha fatto di Pitagora un vero e proprio precursore di una tendenza confermata ben più tardi, nel 2002, dai nuovi principi di revisione emessi dalla Commissione Paritetica per la statuizione dei principi di revisione.

Il rischio di audit viene considerato in funzione della caratterizzazione del business del cliente, attraverso la comprensione dell'attività da esso svolta, unitamente all'identificazione dei rischi correlati e dei relativi effetti sul bilancio in termini di contenuto e di presentazione. Un percorso che consente di focalizzare l'analisi sui fattori più impattanti, quali il sistema di controllo interno (inclusi i controlli sul sistema informativo), le aspettative degli stakeholders, l'andamento del mercato di riferimento, l'evoluzione delle regolamentazioni e degli standard applicabili.